בית המשפט העליון מורה לפרקליט הצבאי הראשי, לחקור בשאלה האם נקבעו הוראות פתיחה באש החורגות מן הפקודות הרשמיות הנהוגות בצה"ל, הוראות שכתוצאה מהן נהרגה הילדה הפלשתינית אימאן אלהמץ, והיא בת 13 שנים בלבד, מירי חיילי צה"ל במוצב "גירית" שבדרומה של רצועת עזה. בית המשפט מחייב את הפרקליטות להביא בפני הוריה של הנערה את ממצאי התחקיר, למעט פרטים חסויים העלולים לפגוע בבטחון המדינה. כמו-כן חוייבה המדינה לשלם לעותרים - הוריה של הנערה, ועמותת הוועד הציבורי נגד העינויים בישראל, הוצאות משפט בסך 15 אלף ש"ח.
בית המשפט קובע, כי "מספרם הרב של הקליעים, שפגעו בה בכל חלקי גופה, העיד על משכו ועל עוצמתו של הירי שבוצע לעברה". פסק הדין שניתן ביום 14.12.06 על-ידי השופטים אהרן ברק (נשיא בדימ.), סלים ג'ובראן, ואדמונד לוי (שכתב את פסק הדין), הותר עתה לפרסום, למעט חלקים שנותרו חסויים מטעמים של בטחון המדינה.
במקביל, דחה בית המשפט את דרישת העותרים להורות על חקירתם של חיילים בחשד לביצוען של פקודות בלתי חוקיות. קביעה זו ניתנה "בלא שיהא בדבר כדי לפטור את רשויות הצבא מעריכתם, ככל שהדבר נדרש, של כל בירור או חקירה אחרים, החורגים מגדריה של עתירה זו". הדברים מכוונים, ככל הידוע, לצעדים משמעתיים נגד האחראים להריגת הילדה.
השופט אדמונד לוי שכתב כאמור את פסק הדין קובע, כי ניתן היה למנוע את הריגתה של הנערה (ציטוט): "למקרא עובדותיה של הפרשה ניקרו בלבי תחושות קשות, שכן את מותה של אלהמץ ניתן היה למנוע, לו אך פעלו כל הגורמים המעורבים כנדרש". יחד עם זאת הוא קובע (ציטוט): "ברם, אם מצוי היה פגם בהתנהגותו של מי מהקצינים או החיילים, בין שיסודו באי יישומן הראוי של פקודות ובין שמקורו בטעות בשיקול דעת, הרי חורג הוא מגדריה של עתירה זו. כמו מאליו מצפה אתה, כי חרף זאת, ייתן הפרקליט הצבאי הראשי דעתו אף להיבט זה של הפרשה, ולצורך במיצויו של הבירור המשפטי באשר לכלל הגורמים שהביאו למותה של אימאן אלהמץ – בירור אשר דומה כי טרם הושלם די צורכו. אולם, את הסעד לו נדרשנו במסגרת ראשה השני של העתירה שבפנינו [להעמיד לדין את החיילים, י.י.], לא נוכל אנו להעניק".
הנערה הפלשתינית נורתה ונהרגה בבוקרו של יום 5.10.04 מירי חיילי צה"ל במוצב "גירית" שבדרומה של רצועת עזה. המוצב "גירית" שכן בתווך בין מה שהיה ציר "פילדלפי" לבין העיר רפיח. האזור הסמוך אליו הוגדר "אזור סכנה מיוחד". על-פי עדויות חיילי הש"ג השומרים על המוצב, הם ראו לפתע את הנערה בקרבת המוצב, ועל-כן ירו בה. לפי עדותם, הוראות הפתיחה באש התירו מפורשות ירי גם בילדים שנכנסו לאזור הביטחוני האסור, ובכלל – הם לא הבחינו בכך שמדובר בנערה, תלמידת בית ספר, שילקוט ספרים על גבה.
השופט לוי כותב, כי גם עתה, "מוסיפות לנסר שאלות, אשר מענה להן לא נמצא עד ליום הזה. מה היו קורותיה של אלהמץ באותו בוקר, בטרם נפתחה לעברה האש שגרמה למותה? מה הניעה, לבושה בתלבושת בית-ספר ונושאת ילקוט ספרים, לעשות דרכה אל עבר המוצב הצבאי, בכיוון הפוך מביתה ומבית-הספר? האם ידעה או יכֹלה לדעת, כי רגליה מוליכות אותה אל אזור אשר מאן דהוא הגדירו כאסור בתנועת פלשתינים? מדוע לא הבחינו בה חיילי העמדות, החולשות בתצפית על השטח, עוד כשסיפק היה בידם לעצור את הילוכה ולהתרות בה לבל תוסיף ותתקרב? כלום קשור מחדל זה בכשל מבצעי ומשמעתי חמור, אותו יש לתלות, בין היתר, במערכת נורמטיבית לקויה בגדרה פעלו חיילי המוצב? כיצד זה טעו השומרים בשערי המוצב לסבור, כי בשל קרבתה אל השער מקימה הנערה סכנה מיידית וממשית לחייהם, וכיצד הסתמכו כל יתר חבריהם על זיהוי שגוי זה והצטרפו כאיש אחד לירי לעברה? מדוע לא חדלו מן האש, עד שמתה, אף שבמנוסתה היו מהם שזיהו כי נערה צעירה היא?".
בית המשפט פסק – בהתבסס על עדויות החיילים, כי קיים פער משמעותי בין הוראות הפתיחה באש, הרשמיות, לבין אלה שניתנו לחיילים במוצב גירית, בנסיבות המיוחדות שייחדו אזור זה. כך לדוגמא, סרן ר' פקד על חייליו לחרוג מהוראות הפתיחה באש, לפני האירוע ואף במהלכו – כשהורה ברשת הקשר כי "יש להרוג כל מי שזז במרחב, אפילו אם זה ילד בן שלוש" (סרן ר' זוכה בבית הדין הצבאי, י.י.).
בית המשפט דן בהרחבה בפערים שבית ההוראות הפתיחה באש הנ"ל, אך גם לאחר זאת הגיע למסקנה כי אין מדובר בהוראות בלתי חוקיות, אלא בהוראות שנקלטו באופן שונה על-ידי החיילים והקצינים במוצב גירית. בית המשפט קובע, כי "על-אף שעובדותיה של פרשת אלהמץ משמשות רקע ובסיס לתהייתם זו של העותרים, הרי השאלה המונחת לפתחנו משתרעת אל מעבר לגדריו של אותו מקרה מסוים".
בפסק הדין כותב השופט לוי, כי ההוראות הפתיחה באש מסייגות במידה ניכרת את הסמכות להכריז על שטח פלוני "אזור ביטחוני מיוחד" (סעיפים 17(ב) ו-(ג) להוראות), וכי הנחיות הירי בשטח זה מצַוות אף הן על ריסון וזהירות. מודגש בהן, כי עצם הימצאותו של אדם במרחב הביטחוני אינה מעידה על מסוכנותו. ...[איסור פרסום]...
בפסק הדין שחלקים ממנו נותרו חסויים (איסור פרסום...), כותב השופט כי הדברים שהוצגו בפניו, "שאין מקום לפרשם אלא כפשוטם, מקימים למצער ראשית ראיה לקיומו של פער בין הוראות הפתיחה-באש שבכתובים לבין אלו עליהן הורה מאן דהוא בגזרתו של גדוד "שקד". ואם בהוראות הלילה נפל לכאורה פגם, מי לידי יתקע כי לא כך ארע אף באשר ליום? דבר זה מחייב, להשקפתי, את הפרקליט הצבאי הראשי ליטול על עצמו את מלאכת בירורו של העניין.