בדעת מיעוט בהחלטה שהתקבלה היה השופט אליקים רובינשטיין, שהינו כידוע דתי חובש כיפה. רובינשטיין כפר בעמדת ששת השופטים לפיה בהעדר "תבנית משפטית", כדברי הנשיא, יש לחייב רישום כפי שהוחלט. לגישתו, יש להשאיר נושא זה להכרעת המחוקק, קרי: כנסת ישראל.

רובינשטיין מצטט מדבריו של ברק, שכתב: "יש עניינים, מיוחדים במינם, שבהם לא קנתה הרשות המבצעת סמכות לקבל הכרעות עקרוניות בשאלות יסוד המפלגות את החברה הישראלית. יש עניינים כאלה, שבהם ההכרעות צריכות להתקבל בכנסת, תוך שהרשות המבצעת צריכה להסתפק במדיניות לביצוען" (בג"צ 3267/97 רובינשטיין נ' שר הביטחון, פ"ד נב(5) 481, 523)". רובינשטיין מעיר בהקשר זה, כי גישת ברק הינה שהוא (ברק) עוסק רק במרשם, ואילו הסדר ראשוני ייעשה על-ידי המחוקק. ואולם, גישת רובינשטיין הינה ש"המרשם הוא כברת דרך משמעותית לקראת הסדר כולל, ועל כן מקומו בחצריו של המחוקק".

בסיכום דבריו כותב רובינשטיין (ציטוט):

"חברי הנשיא, כמותו כעותרים, אין דעתו נוחה מטענת המשיב, כי אין בישראל תבנית משפטית מתאימה לנישואין בין בני זוג מאותו מין, לשיטתו "תבנית משפטית" הוא מושג חדש, שאין לו אמת מידה ראויה, ואין הבדל בין רישום נישואין הומוסקסואליים לבין אישורו של אימוץ לסבי, כפי שהוחלט בפרשת ברנר קדיש. אכן, דעתי שלי באותו עניין כדעת שופט המיעוט ע"ר זועבי. כשלעצמי, איני סבור כי הענקת הזכויות הכלכליות-חברתיות לזוגות הומוסקסואליים, שיש בה משום הגינות אנושית ומשפטית, היא "תבנית משפטית" בדומה לרישום נישואין.

"ישנו קו המפריד ביניהם, שחצייתו מחייבת התייחסות המחוקק; הקו הוא אותו סמל, אותה החלטה ערכית, המצדיקה כי המחוקק במדינת ישראל הוא שייתן עליה את דעתו, והלוא הרישום הריהו, בסופו של יום, גושפנקה רשמית של הממלכה ליצירת תא משפחתי, המוכר רק במיעוט קטן ממדינות תבל. לכן אילו נשמעה דעתי, לא היינו נעתרים לעתירות".

איתי פנקס, חבר מועצת העיר ת"א וממנהיגי הקהילה הגאה בישראל, שעמד בראש המשלחת של חמשת הזוגות, בירך על החלטת בית המשפט העליון הבוקר: "זהו יום היסטורי הן לקהילה הגאה והן לדמוקרטיה הישראלית, כאשר לכולנו יש זכות בחירה האם להינשא או לא. זה כל מה שרצינו - שוויון ונמשיך להיאבק להשגת שיוויון זכויות מלא גם בתחומים נוספים".

פנקס ארגן בתחילת מרס 2005 משלחת של חמישה זוגות, שכללה גם את פנקס עצמו ובן זוגו בשבע השנים האחרונות, יואב ארד. התהודה הציבורית הרחבה בארץ ובעולם לה זכתה המשלחת היוותה שלב חשוב במאבק ציבורי-משפטי, להכרה בסטטוס הנישואים בין בני הזוג מאותו המין בישראל.