אל ביתו של מנהיג הפלג הליטאי בציבור החרדי (דגל התורה) הגיע מנהיג הזרם החסידי, האדמור מגור (אגודת ישראל). הפגישה החריגה בין השניים התקיימה בליל אמש (ג', 11.4.07), ולמרות החשיכה בתוך דקות עשתה לה השמועה כנפיים והתפשטה אל כל ריכוזי החרדים. סיבת ביקורו של האדמור רבי יעקב אלתר במעונו של הרב יוסף שלום אלישיב עלומה, והמקורבים דאגו להטיל איפול על תוכן הפגישה.

בבית הרב אלישיב ברחוב חנן בשכונת מאה שערים בירושלים הסתודדו השניים במשך כ-20-15 דקות. בפגישה נכחו גם באי ביתו של הרב - יד ימינו הרב יוסף אפרתי ומזכיר הוועדה למען קדושת השבת, הרב יצחק גולדקנופ. לטענת הרב גולדקנופ, נסוב תוכן הפגישה הקצרה בין השניים על עניינים בלימוד תורה בנושא חג הפסח. אולם, ההערכות הרווחות הן כי הביקור עסק בתיאום עמדות במאבק המתנהל בציבור החרדי נגד חילולי השבת שבוצעו לאחרונה בחברת אל על.

בערב חג הפסח הורה הרב אלישיב להסלים את המאבק ולאסור על כל פרסום מטעם חברת התעופה בעיתונות החרדית ואף ביקש להעביר את המסר לעיתונים החרדיים הבלתי פורמליים המקומונים והשבועונים הקטנים. אפילו ברכת חג שמח לקוראים החרדיים לא הייתה אל על יכולה לפרסם.

בסוף חודש פברואר, פרסמה אל על ביומונים החרדיים מודעת התנצלות על הסבה בשבת של טיסת אל על לחברת סאן דור. בתיאום עם הוועדה למען קדושת השבת הופיעה מודעה מטעם הוועדה ובה נכתב כי חרף ההתנצלות המשבר עומד בעינו, וזאת עד להסכמת אל על לנקודות שהציבו הרבנים למניעת הישנות מקרים של חילול שבת מצד החברה.

מצבו הבריאותי של הרב יוסף שלום אלישיב, בן ה-97, הולך ומתרופף, ויש שאמרו כי מטרת הפגישה הייתה לקיים את מצוות ביקור חולים. הרב הישיש מסתגר בביתו למשך תקופות ארוכות וכמט שאינו יוצא את פתח ביתו. תלמידיו מודאגים ותפילות להחלמתו התקיימו בבית מדרשו ואף תפילת רבים בכותל המערבי, שאורגנה בחשאי. העליות והמורדות מאפשרים לו לפעמים להגיע לתפילות ולמסור שיעורים, אך ביום השנה לפטירת סבו לא שימש כשליח ציבור, ושלח את נכדו הרב אריה רימר, כאשר הוא עצמו הסתפק באמירת קדיש.