בג"צ הוציא (יום ה', 19.6.08) צו ביניים האוסר על אכלוס 9 מבנים בהתנחלות עפרה. השופט אדמונד לוי אסר לחבר את המבנים למערכות מים חשמל וביוב, וכן הורה שלא לאפשר את המשך בנייתם. זאת "עד להחלטה אחרת" של בית המשפט.
ההחלטה ניתנה בעתירה שהגישו ארגוני "בצלם" ו"יש דין" באמצעות בא-כוחם עו"ד מיכאל ספרד, בטענה כי הבתים נבנים על קרקעות מוסדרות פרטיות של פלשתינים מהכפר עין יברוד, "על אדמה המצויה בתחומי גדר ההתנחלות הבלתי חוקית עפרה". עוד נטען כי העתירה מוגשת "מתוך הבנה שללא התערבות בית המשפט , גורלן של החלקות בבעלות הפלשתינים יהיה כגורלן של אדמות אחרות עליהן הוקמה ההתנחלות הבלתי-חוקית עפרה".
העותרים חושפים בעתירה כי למעשה השטח הופקע בזמנו מידי הפלשתינים על-ידי הצבא הירדני לצרכי הקמת מחנה ירדני. לאחר מכן, המינהל "נכנס לנעליו של הריבון בשטח". המתנחלים לטענתם עלו לשטח בשנת 1975 תוך שימוש ב"דרכי עורמה", כשהם מגדירים עצמם "עובדי גידור". בתחילה הם ישבו ללא אישור, אך בסופו של דבר האישור ניתן בדיעבד "רק בדיעבד ניתן אישור הרשויות לשהיית המתנחלים במקום. הייתה זו ההתנחלות הראשונה שהוקמה בשומרון".
לטענת העותרים, לא ניתן "להכשיר" את הישוב באמצעות הסדרתו, משום שלא נקבעה לו מעולם תוכנית מתאר או תוכנית מפורטת. יתרה מכך, "כדי להשלים הליכי בנייה בישוב יש לקבל אישורי הוועדה המקומית לתכנון ובנייה של המועצה האזורית מטה בנימין, אך זו נטולת סמכויות לאשר בנייה ללא קיומה של תוכנית מתאר בתוקף, וממילא רוב שטח הישוב אינו יכול להיות כלול כלל בשטח המועצה, מאחר שהוא שטח פלשתיני פרטי שלא הופקע ולא נתפס מעולם".
עוד טוענים העותרים כי "אין זה מן הנמנע", שהעדרה של תוכנית מתאר הוא "בכוונת מכוון" של הרשויות "שכן אף החלק הנטען שהופקע ושעליו ממוקמת חלקה (תחום המחנה הירדני הנטוש) הוא שטח בבעלות פלשתינית פרטית אשר הופקע 'לצרכים צבאיים'. קיומה של תוכנית מתאר לישוב הייתה חושפת את המטרה העיקרית הנדרשת להפקעה הצבאית - הקמת ישוב ישראלי על אדמות פלשתיניות פרטיות בלב הגדה המערבית. כך או כך, עם השנים הישוב הלך ותפח התפתח וגדל, בעודו גולש הרבה מעבר לתחומי האזור שנטען כי הופקע על-ידי הצבא הירדני ונוגס בעוד ועוד אדמות פרטיות".
העותרים דוחים את החלוקה בין "התנחלות" ל"מאחז", "כולם הפרות חמורות של המשפט הבינלאומי של דיני הלחימה והתפיסה הלוחמתית. מכל מקום ניתן לראות כי ההתנחלות עפרה עונה אך ורק על הקריטריון הראשון (קיומה של החלטת ממשלה) ומיעוט משטחה עונה על הקריטריון הרביעי, לכאורה". בהמשך נטען כי עפרה היא "מאחז, או יצור כלאיים, אשר דינו כדין מאחז בלתי חוקי ובלתי מורשה. לפנינו אם כן התנחלות בלתי חוקית או לכל הפחות 'מאחז בלתי חוקי גדול במיוחד'".
כאמור,בעקבות העתירה הוציא בית המשפט העליון צו ביניים האוסר על אכלוס המבנים.